Desde el punto de vista etiológico, se clasifica en infecciosa (bacteriana, vírica y por Chlamydia trachomatis) e inmunitaria. Las formas bacterianas suelen producir secreción purulenta y responden al tratamiento antibiótico tópico, mientras que las víricas, frecuentemente causadas por adenovirus, presentan alta contagiosidad y requieren manejo sintomático. La infección por Chlamydia trachomatis puede manifestarse como conjuntivitis de inclusión o como tracoma, este último aún relevante como causa de ceguera prevenible en países en desarrollo.
Asimismo, se describen procesos inflamatorios inmunitarios como la conjuntivitis alérgica y la conjuntivitis vernal, así como proliferaciones conjuntivales degenerativas frecuentes, entre ellas la pinguécula y el pterigión, estrechamente relacionadas con la exposición a radiación ultravioleta. El reconocimiento de las características clínicas, especialmente el tipo de secreción y la respuesta conjuntival, resulta fundamental para establecer un diagnóstico etiológico y un tratamiento adecuado.